Ključna razlika med GFP in EGFP je, da je GFP divji tip beljakovin, vključenih v molekularno kloniranje celic nesesalcev, medtem ko je EGFP izboljšana ali zasnovana vrsta GFP, ki se lahko uporablja na celicah sesalcev.
Molekularno kloniranje je napredna tehnika, ki jo znanstveniki neizmerno uporabljajo pri izražanju beljakovin z rekombinantno tehnologijo. Pri tehnologiji rekombinantne DNA je treba rekombinantni vektor uspešno transformirati v gostiteljski organizem. Zato bi bilo treba med postopkom transformacije identificirati in potrditi, ali je gen, ki nas zanima, preoblikovan v gostitelja ali ne. Da bi to ocenili, molekularni biologi sprejmejo več tehnik. Med temi tehnikami je eden reporter gen. Ti reporterski geni delujejo kot izbirni markerji za izbiro pravilnih transformantov. Tako sta Green Fluorescent Protein (GFP) in Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP) dva beljakovina poročevalca, ki se uporabljata pri molekularnem kloniranju.
