Ključna razlika med MS in lymsko boleznijo je v tem, da je lymska bolezen nalezljiva bolezen, medtem ko MS ni vnetna bolezen brez nalezljivega izvora. To pomeni, da je multipla skleroza kronična avtoimunska vnetna bolezen, posredovana s celicami T, ki prizadene centralni živčni sistem. Lymsko bolezen pa povzroča spiroheta z imenom Borrelia burgdoferi, ki v človeško telo vstopi z ugrizi uši ali klopov.
Tako multipla skleroza kot borelioza sta bolezni, ki lahko vplivata na naš nevrološki sistem.