Ključna razlika med primarnimi in sekundarnimi alilnimi karbokationi je v tem, da je primarni alilični karbokation manj stabilen od sekundarnega alilnega karbokationa.
Alilična karbokacija je z resonanco stabilizirana ogljikova struktura. Je ion, ki vsebuje pozitiven naboj. V teh ionih je pozitivni ion nameščen na alilni atom ogljika (alilični atom ogljika je sosednji atom dvojne vezi). Primarni alilni karbokation je alilni karbokat, kjer je pozitivni naboj nameščen na primarnem atomu ogljika, medtem ko je sekundarni alilen karbokation alilen karbokat, kjer je pozitivni naboj nameščen na sekundarnem atomu ogljika.
