Ključna razlika med prehodnim in uravnoteženim polimorfizmom temelji na tem, kako se aleli obnašajo. Prehodni polimorfizem je postopna zamenjava enega alela gena z drugim alelom, medtem ko je uravnoteženi polimorfizem vzdrževanje obeh različnih alelov gena skozi čas
Genetski polimorfizem je ena ali dve ali več različic določene DNA. Prehodni in uravnoteženi polimorfizem sta dve vrsti polimorfizma, ki nastaneta zaradi dveh nadomestnih alelov gena. Pri prehodnem polimorfizmu se od obeh nadomestnih alelov danega lokusa en alel postopoma nadomesti z drugim. V uravnoteženem polimorfizmu sta oba alela med seboj v ravnovesju. Obe različici gena se ohranjata v populaciji.
