Ključna razlika med pretokom energije in kroženjem snovi je v tem, da pretok energije prikazuje prenos energije z ene trofične ravni na naslednjo trofično raven v prehranjevalnih verigah, medtem ko kroženje snovi prikazuje pretok ali kroženje elementov skozi žive in nežive dele ekosistemov.
Energija teče v ekosistemu po prehranjevalnih verigah. Podobno elementi krožijo skozi različne dele Zemlje. Sonce je vir energije večine ekosistemov. Primarni proizvajalci energijo sončne svetlobe fiksirajo v ogljikove hidrate. Potrošniki, zlasti rastlinojede živali, uživajo hrano, ki jo pridelajo proizvajalci. Potem so mesojede in vsejede odvisne od rastlinojedih. Prav tako energija teče skozi različne trofične ravni. Hkrati se snov reciklira po različnih procesih. Pravzaprav se tako energija kot snov v prehranjevalnih verigah prenašata iz enega organizma v drugega.
