Ključna razlika med kongenerjem in izomerom je, da se kongener nanaša na kemične spojine s podobno strukturo in podobnimi lastnostmi. Medtem se izomer nanaša na molekule z enako kemijsko formulo, vendar različnimi strukturami.
Izraza kongener in izomer se nanašata na skupine spojin, ki so razvrščene glede na njihove podobnosti. Izraz kongener ima lahko različne opredelitve, vendar v kemiji večinoma uporabljamo definicijo, da so sorodniki kemične spojine s podobno strukturo in podobnimi lastnostmi. Izomeri pa so spojine z različno strukturo, vendar podobno atomsko sestavo; zato imajo tudi različne lastnosti.
