Ključna razlika med porini in akvaporini je, da so porini z vodo napolnjene pore in kanali, ki jih najdemo v membranah bakterij in evkariontov. Medtem so akvaporini membranski proteini, ki tvorijo vodo selektivne kanale v živih celicah.
Različne molekule vstopajo in izstopajo iz celice preko plazemske membrane v živih organizmih. Tako v plazemski membrani obstajajo različni membranski proteini, ki vzdržujejo in uravnavajo molekule, ki vstopajo in izstopajo iz celic. Porini in akvaporini so dve takšni vrsti membranskih beljakovin. Od teh so porini z vodo napolnjene pore, ki olajšajo transport hidrofilnih molekul čez membrano. Medtem so akvaporini selektivni kanali za vodo, ki omogočajo prosti pretok vode skozi membrano.
