Ključna razlika med bakteriocinom in antibiotikom je, da je bakteriocin beljakovinski toksin, ki ga bakterije proizvajajo proti sorodnemu bakterijskemu sevu, medtem ko je antibiotik antibakterijska snov in sekundarni presnovek, ki ubija ali zavira rast bakterij.
Protimikrobne snovi lahko uničijo patogene mikroorganizme ali zavirajo njihovo rast in razmnoževanje. Protimikrobna zdravila so lahko protibakterijska, protiglivična ali protivirusna. Protibakterijske snovi ali antibiotiki delujejo proti bakterijam, medtem ko protiglivične snovi delujejo proti patogenim glivam. Protivirusna zdravila ubijajo viruse. Zato so antibiotiki vrsta najučinkovitejših antibakterijskih snovi, s katerimi se lahko borimo proti bakterijskim okužbam. Bakteriocin je beljakovinski toksin, ki ga proizvajajo bakterije. Deluje proti tesno sorodnim bakterijskim sevom. Tako antibiotik kot bakteriocin delujeta protibakterijsko.
