Ključna razlika med krvno-možgansko pregrado in krvno-cerebrospinalno pregrado je, da je krvno-možganska pregrada tista, ki ločuje krvno tkivo in možgansko tkivo, medtem ko je krvna pregrada v cerebrospinalni tekočini funkcionalna ovira, ki ločuje krvno tkivo in cerebrospinalno tekočino.
Krvno-možganska pregrada in krvna cerebrovaskularna pregrada sta dve zaščitni oviri v možganih. Prav tako so pomembni pri prenosu molekul skozi možgane in tkiva periferne krvi. Poleg tega imata obe oviri tesna stičišča, ki olajšajo prenos nestrupenih spojin v možgane.
