Ključna razlika med FISH in CGH je v tem, da je FISH molekularna tehnika, ki s pomočjo fluorescentno označenih sond zazna specifično zaporedje DNA na kromosomu, medtem ko je CGH še ena molekularna citogenetska tehnika, ki zazna spremembe v genomski DNA.
Citogenetska analiza igra pomembno vlogo v medicini pri odkrivanju kromosomskih nepravilnosti, kot so aneuploidije, delecije, podvajanja in prerazporeditve itd. Kromosomske nepravilnosti sčasoma povzročijo genetske bolezni, kot so rak, neplodnost, Downov sindrom, Klinefelterjev sindrom, Turnerjev sindrom, levkemija itd. Obstajajo različne molekularne citogenetske metode za odkrivanje zgoraj omenjenih napak in bolezni. Med njimi sta FISH (fluorescentna hibridizacija in situ) in CGH (primerjalna genomska hibridizacija) dve močni tehniki hibridizacije. Vendar imata obe metodi prednosti in slabosti.
