Ključna razlika med transformacijo in transdukcijo je, da je transformacija mehanizem, ki spreminja genski material bakterij z neposrednim vnosom eksogenega genskega materiala iz okolice skozi celično membrano in njegovo vključitev v genom, medtem ko je transdukcija vbrizgavanje tuje DNA z virus bakteriofaga v gostiteljsko bakterijo.
Konjugacija je znana metoda rekombinacije DNA, ki jo najdemo tako pri evkariontih kot pri prokariontih. Znanstveniki so odkrili, da je možno prenesti DNK iz ene bakterijske celice v drugo po dveh mehanizmih: transformaciji in transdukciji. Podobno kot pri konjugaciji tudi ta dva mehanizma prenašata DNA v eno smer in pride do rekombinacije med aleli v homolognih regijah DNA. Oba mehanizma prenašata zelo malo količin DNA in ne preneseta celotnega celičnega kromosoma.
