Ključna razlika med modro zelenimi algami in zelenimi algami je, da so modrozelene alge prokariontski organizmi, ki pripadajo kraljestvu Monera, medtem ko so zelene alge evkariontski organizmi, ki pripadajo kraljestvu Protista.
Fotosinteza je postopek, ki ga prikazujejo fotoavtotrofi. To je proces, ki sintetizira ogljikove hidrate (živila) z zajemom energije iz sončne svetlobe. Postopek zahteva prisotnost fotosintetskih pigmentov, CO 2 in vode. Fotoautotrofi imajo fotosintetske pigmente za izvajanje fotosinteze. Obstajajo tri glavne skupine fotoavtotrofov kot rastline, cianobakterije (modro zelene alge) in alge (vključno z zelenimi algami). Tako modro zelene alge kot zelene alge so fotosintetski organizmi. Vendar so modro zelene alge prokariontski organizmi, medtem ko so zelene alge evkariontski organizmi. Skladno s tem obstaja razlika med modro zelenimi algami in zelenimi algami glede na njihovo celično organizacijo in druge značilnosti.
