Ključna razlika med kolonizacijo in okužbo je v tem, da je kolonizacija proces nastanka mikroba v telesnih tkivih, medtem ko je okužba postopek napada mikroorganizmov v telesna tkiva, ki povzroča simptome bolezni.
Patogenost mikrobov je popoln biokemijski in strukturni proces, ki ga opredeljuje popoln mehanizem, v katerem mikroorganizem povzroča bolezen. Na primer, patogenost bakterij je lahko povezana z različnimi komponentami bakterijske celice, kot so kapsula, fimbrije, lipopolisaharidi (LPS) in druge komponente celične stene. Povežemo ga lahko tudi z aktivnim izločanjem snovi, ki poškodujejo gostiteljska tkiva ali zaščitijo bakterije pred obrambno gostiteljsko obrambo. Kolonizacija in okužba sta dva izraza v patogenosti mikrobov. Prva stopnja mikrobne patogenosti je kolonizacija. Znana je kot pravilna vzpostavitev patogena v gostiteljskih tkivih. Nasprotno, okužba je invazija patogena v telesna tkiva, ki povzroča bolezen.
