Ključna razlika med aerobnimi in anaerobnimi mišicami je, da aerobne mišice za svoje funkcije potrebujejo kisik, medtem ko anaerobne mišice za delovanje ne potrebujejo kisika.
Mišice so glavne sestavine, ki sodelujejo pri naših gibih. Poleg tega pomagajo pri ohranjanju telesne oblike. Mišice so sposobne aerobnega in anaerobnega dihanja. Zato mišice opravljajo funkcije ob prisotnosti in odsotnosti kisika. Na podlagi tega obstajata dve mišici, in sicer aerobne in anaerobne mišice. Aerobne mišice potrebujejo kisik za celično dihanje. Z drugimi besedami, te mišice so za proizvodnjo energije odvisne od kisika. Zato so mitohondriji prisotni v velikem številu. Po drugi strani pa anaerobne mišice ne potrebujejo kisika za proizvodnjo energije. Imajo mitohondrijske drobce ali encime, potrebne za anaerobno dihanje. Zato niso odvisni od kisika. Glavna razlika med aerobnimi in anaerobnimi mišicami je torej potreba po kisiku.
