Ključna razlika med atomsko spektroskopijo in molekularno spektroskopijo je, da se atomska spektroskopija nanaša na preučevanje elektromagnetnega sevanja, ki ga absorbirajo in oddajajo atomi, medtem ko se molekularna spektroskopija nanaša na preučevanje elektromagnetnega sevanja, ki ga absorbirajo in oddajajo molekule.
Elektromagnetno valovanje je sestavljeno iz električnega polja in magnetnega polja, ki nihata pravokotno drug na drugega. Tako imenujemo elektromagnetni spekter celoten obseg valovnih dolžin elektromagnetnega sevanja. V spektroskopskih eksperimentih za analizo vzorca uporabljamo elektromagnetno sevanje določenih valovnih dolžin. Tam dovolimo, da elektromagnetno sevanje prehaja skozi naš vzorec, ki vsebuje kemične vrste, ki nas zanimajo.
