Ključna razlika med izopentanom in neopentanom je v tem, da izopentan vsebuje štiričlensko ogljikovo verigo z eno metilno skupino, pritrjeno na to verigo pri drugem atomu ogljika v verigi, medtem ko neopentan vsebuje eno ogljikovo središče, vezano na štiri metilne skupine.
Izopentana in neopentana sta medsebojna strukturna izomera. Zato imata obe spojini enako kemijsko formulo; C 5 H 12. Vendar pa imajo zaradi razlike med izopentanom in neopentanom v njihovi kemični strukturi različne kemijske in fizikalne lastnosti. Druga opazna razlika med izopentanom in neopentanom je ta, da izopetan obstaja kot brezbarvna tekočina, medtem ko je neopentan brezbarven plin pri standardni temperaturi in tlaku.
