Ključna razlika med maltozo in izomaltozo je, da ima maltoza dve enoti glukoze, ki sta med seboj povezani z alfa 1-4 vezjo, medtem ko ima izomaltoza dve glukozni enoti, povezani med seboj prek alfa 1-6 vezi.
Maltoza je disaharid. Pomeni, da ima dve enoti sladkorja, ki sta med seboj povezani. V primeru maltoze in izomaltoze je enota sladkorja molekula glukoze. Zato se ti dve obliki disaharidov med seboj razlikujeta glede na kemijsko vez med obema glukoznima enotama. Vendar obe obliki sladkorja zmanjšujeta sladkor.
