Ključna razlika - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green in Taqman sta dve metodi, ki se uporabljata za odkrivanje ali opazovanje procesa ojačanja PCR v realnem času. SYBR Green je metoda, ki temelji na interkaliranju barvila za obarvanje nukleinske kisline, medtem ko je Taqman metoda, ki temelji na sondi za hidrolizo. Obe tehnologiji sta zasnovani tako, da ustvarjata fluorescenco med PCR, kar omogoča PCR aparatu v realnem času, da spremlja reakcijo v "realnem času". Metoda SYBR Green se izvaja s fluorescentnim barvilom, imenovano SYBR green, in zazna ojačanje z vezavo barvila na nastalo dvoverižno DNA. Taqman se izvaja z dvojno označenimi sondami in zazna ojačanje z razgradnjo sonde s Taq polimerazo in sproščanjem fluoroforja. To je ključna razlika med SYBR Green in Taqman.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je SYBR Green
3. Kaj je Taqman
4. Vzporedna primerjava - SYBR Green vs Taqman
5. Povzetek
Kaj je SYBR Green?
SYBR Green je fluorescentno barvilo, ki se uporablja za obarvanje nukleinskih kislin, zlasti dvoverižne DNA v molekularni biologiji. Metoda SYBR Green se uporablja za kvantificiranje produktov PCR med sprotnim PCR. Ko se veže z DNK, nastali kompleks barv DNA absorbira modro svetlobo in oddaja močno zeleno svetlobo. To se zgodi zaradi strukturne spremembe, ki se pojavi v molekuli barvila ob vezavi z dvoverižno DNA. Ko PCR ustvarja vedno več DNA, se več molekul barvil veže z DNA in ustvari več fluorescence. Zato se fluorescenca povečuje s kopičenjem produkta PCR. Količino produkta PCR lahko torej kvantitativno izmerimo z SYBR Green fluorescenčno detekcijo.
Zeleno barvilo SYBR se lahko uporablja tudi za označevanje DNA v citometriji in fluorescenčni mikroskopiji. Etidijev bromid je bil uspešno nadomeščen s SYBR Green, saj je etidijev bromid rakotvorno barvilo s težavami pri odstranjevanju med vizualizacijo DNA v gelni elektroforezi.
Zelena metoda SYBR ima prednosti in slabosti. Ta metoda je zelo občutljiva, poceni in enostavna za uporabo. Zaradi nesposobnosti vezave na katero koli dvoverižno DNA pa lahko nespecifična vezava povzroči preveliko količinsko opredelitev produkta PCR.
Slika 01: Zelena tehnika SYBR
Kaj je Taqman?
Taqman je nadomestna metoda za SYBR Green za spremljanje procesa PCR v realnem času. Ta metoda je odvisna od 5 '- 3' eksonukleazne aktivnosti encima Taq polimeraze, da razgradi sonde med podaljšanjem nove verige in sproščanjem fluoroforja. Pri tej metodi se uporabljajo dvojno označene sonde, ki temeljijo na hidrolizi sond. Sonde so fluorescentno označeni DNA oligonukleotidi, ki imajo na 5 'koncu molekulo fluorescentne poročevalne molekule (fluorofor) in na 3' koncu gasilno molekulo. Zasnovani so tako, da se vežejo na enojno predlogo na nasprotni strani žarilnih premazov. Taq polimeraza doda nukleotide temeljnemu premazu in novo verigo razširi proti dvojno označenim sondam. Ko se Taq polimeraza sreča s sondo, eksonukleazno delovanje polimeraze Taq aktivira in razgradi sondo. Ko konča sintezo nove verige, se sonda popolnoma razgradi in sprosti fluorofor. Sproščanje fluoroforja povzroči fluorescenco. Molekula fluorescentnega dušilca učinkovito ugasne oddajeno svetlobo in ustvari izhod za kvantifikacijo izdelka PCR. Sproščanje fluoroforjev in količina produktov PCR sta sorazmerna. Zato je kvantifikacijo mogoče enostavno opraviti s Taqmanovo metodo.količinsko opredelitev je mogoče enostavno opraviti s Taqmanovo metodo.kvantifikacijo lahko enostavno izvedemo s Taqmanovo metodo.
Slika 02: Taqmanova metoda
Taqmanova metoda se uporablja v PCR v realnem času, kvantifikaciji genske ekspresije, odkrivanju genskih polimorfizmov, kvantifikaciji delecij kromosomske DNA, identifikaciji bakterij, verifikaciji analize mikromrež, genotipizaciji SNP itd.
Kakšna je razlika med SYBR green in Taqman?
Diff Article Sredina pred mizo
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green temelji na barvi, ki veže DNA. | Taqman je odvisen od hibridizacijskih sond in 5 'do 3' eksonukleazne aktivnosti Taq polimeraze. |
| Sonde s fluorescentno oznako | |
| Sonde s fluorescenčno oznako niso potrebne. | Potrebne so dvojno označene sonde. |
| Multiplex analiza genov | |
| Ni ga mogoče uporabiti za multipleks genske tarče. | Uporablja se lahko za multipleks genske tarče. |
| Stroški | |
| To je ceneje. | To je dražje. |
| Specifičnost | |
| To je manj specifično in se veže na katero koli dvoverižno DNA | Ti so zelo specifični, saj sonde zaznajo posebne produkte ojačevanja. |
| Učinkovitost | |
| To je manj učinkovito. | To je zelo učinkovito. |
| Uporaba | |
| To se uporablja v PCR v realnem času, vizualizaciji agaroznega gela, označevanju DNA itd. | To se uporablja v realnem času PCR, kvantifikaciji izražanja genov, odkrivanju genskih polimorfizmov itd. |
Povzetek - SYBR Green in Taqman
Taqman in SYBR green sta dve metodi, ki se uporabljata pri PCR v realnem času (kvantitativni PCR). Obe metodi omogočata učinkovito kvantifikacijo izdelka PCR in sta odvisni od emisije fluorescence. Taqmanova metoda uporablja dvojno označene sonde za odkrivanje nakopičene DNA, medtem ko metoda SYBR Green uporablja fluorescentno barvilo. Obe metodi se različno uporabljata tudi v molekularni biologiji.
