Ključna razlika med fluorovodikovo in klorovodikovo kislino je, da je fluorovodikova kislina šibka kislina, medtem ko je klorovodikova kislina močna kislina. Tudi fluorovodikova kislina lahko tvori vodikove vezi, medtem ko klorovodikova kislina ne more tvoriti vodikovih vezi.
Še ena pomembna razlika med fluorovodikovo in klorovodikovo kislino je v njihovi molekularni strukturi. Molekula fluorovodikove kisline ima fluoridni ion, medtem ko ima molekula klorovodikove kisline kloridni ion. Poleg tega sta fluorovodikova in klorovodikova kislina dajalca protona. Zato se lahko te molekule kisline ionizirajo v vodnih medijih, ki sproščajo protone (H +). Ti protoni povzročajo kislost v vodnem mediju.
