Ključna razlika med protostomi in deuterostomi je, da v protostomih blastopore postanejo usta, medtem ko v deuterostomih postanejo anus. Druga velika razlika je v tem, da se zarodki protostomov spiralno cepijo, zarodki deuterostomov pa radialno.
Pri razumevanju teh dveh izrazov bi bilo treba biti pozoren na to, kako poteka zarodni razvoj organizmov. Posebej pomembno bi bilo upoštevati živali s celomom, ki je s tekočino napolnjena votlina, ki leži med endodermom (črevesjem) in mezodermom (večinoma mišična plast); z drugimi besedami, celom je peritoneum pri sesalcih. Protostomi in deuterostomi sta glavni vrsti celomatov in med njima obstaja veliko razlik. Razlikujejo se predvsem po načinu oblikovanja ust in anusa med embrionalnim razvojem.
