Ključna razlika - stran SDS v primerjavi z matično stranjo
SDS in izvorna stran sta dve vrsti tehnik elektroforeze v poliakrilamidnem gelu, ki se uporabljajo v molekularni biologiji. Ključna razlika med SDS Page in Native Page je vrsta uporabljenega poliakrilamidnega gela. Na strani SDS se uporablja denaturacijski gel, zato se molekule ločijo glede na njihovo molekulsko maso. Nasprotno pa se v Native Page uporabljajo nedenaturacijski geli. Zato se molekule ločijo glede na njihovo velikost, naboj in obliko.
Poliakrilamidni gel za elektroforezo (Stran) uporablja gel, narejen s polimerizacijo akrilamidnih monomerov z metilen bizakrilamidom. Poliakrilamid je trši in bolj toplotno stabilen kot agaroza. Poliakrilamidni geli imajo manjšo velikost por, kar omogoča učinkovito ločevanje beljakovin. Obstajata dve glavni vrsti nastavitev strani, in sicer SDS Page in Native Page. SDS Page ali natrijev-dodecil-sulfatni poliakrilamidni gel v elektroforezi ločuje beljakovine glede na njihovo molekulsko maso. Denaturacijski geli so uporabljeni v SDS Page. Native Page uporablja gele brez denaturiranja in beljakovine ločuje glede na njihovo velikost, naboj in obliko (3D konformacija).
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je stran z varnostnimi informacijami
3. Kaj je izvorna stran
4. Podobnosti med
stranjo s SDS in osnovno stranjo 5. Vzporedna primerjava - Stran s SDS v primerjavi s prvotno stranjo v tabelarni obliki
6. Povzetek
Kaj je SDS Stran?
SDS Page je najpogostejša elektroforetska tehnika, ki se uporablja za ločevanje beljakovin glede na njihovo molekulsko maso. Gel naredimo tako, da dodamo SDS (natrijev dodecil sulfat), ki je detergent. SDS proteze protezira v monomere. SDS je anionski detergent. Zato beljakovinam doda neto negativni naboj v širokem območju pH. Ko se neto negativni naboj prenese na beljakovinske molekule, se zaradi spremembe naboja kompleksne strukture razgradijo. Zaradi negativnega naboja se beljakovine privlačijo proti pozitivnemu koncu. Tako molekule z nižjo molekulsko maso hitreje potujejo po gelski matrici in jih je mogoče opazovati blizu anode, medtem ko beljakovine z višjo molekulsko maso opazujemo bližje jamicam.
Slika 01: Stran SDS
Vezava SDS na polipeptidno verigo je sorazmerna z njeno relativno molekulsko maso. Zato lahko molekulsko maso določimo tudi s pomočjo SDS Page. Obarvanje gelov SDS Page se izvede z barvanjem z bromofenol modro. Uporabe strani SDS se v večji meri širijo, kjer jo lahko uporabimo za oceno relativne molekulske mase in določitev relativne številčnosti beljakovin v beljakovinski mešanici. Stran SDS lahko uporabimo tudi za določanje porazdelitve beljakovin v mešanici beljakovin. Stran SDS se uporablja tudi za čiščenje in ocenjevanje beljakovin. Uporablja se kot predhodni postopek za zahodno blotiranje in hibridizacijo, ki se nato uporablja za kartiranje in identifikacijo beljakovin.
Kaj je domača stran?
Za elektroforezo nativnega poliakrilamidnega gela (Native Page) se uporablja nedenaturacijski gel. Zato se v matriko gela ne doda SDS ali katero koli drugo sredstvo za denaturacijo. V Native Page ločevanje beljakovin temelji na naboju in velikosti beljakovin. Zato je gibljivost beljakovin odvisna od naboja in velikosti beljakovin.
Naboj beljakovin je odvisen od stranskih verig aminokislin. Če so stranske verige negativno nabite, bo beljakovina prejela splošni negativni naboj in obratno. Beljakovine ohranijo 3D-konformacijo zaradi zlaganja, ki se zgodi. Zlaganje je posledica več vrst vezi v beljakovinah, kot so disulfidne vezi, hidrofobne interakcije in vodikove vezi. Če torej nativno stran nosimo z nevtralnim pH, se beljakovine ločijo glede na molekularno obliko beljakovin. Zato lahko Native Page uporabljamo kot občutljivo tehniko za odkrivanje spremembe naboja ali konformacije beljakovine.
Glavna prednost izvorne strani je, da se beljakovine, uporabljene za analizo strani, lahko obnovijo v prvotnem stanju po analizi strani, saj beljakovine med postopkom ne motijo. Native Page je relativno visoka pretočna tehnika in stabilnost beljakovin se poveča.
Slika 02: Izvorna stran
Po zaključku gelskega teka si lahko gel Native Page ogledate z barvanjem z bromofenol modro ali katerim koli drugim ustreznim reagentom za obarvanje. Aplikacije Native Page vključujejo ločevanje kislih beljakovin, vključno z glikoproteini, kot je človeški rekombinantni eritropoetin, ali identifikacijo beljakovin, prisotnih v govejem serumskem albuminu (BSA).
Kakšne so podobnosti med stranjo SDS in matično stranjo?
- Sistemi SDS Page in Native Page kot matriko gela uporabljajo poliakrilamidni gel.
- Oba se uporabljata za ločevanje in identifikacijo beljakovin.
- Oba uporabljata elektroforetsko gibljivost za ločevanje spojin.
- Oboje je mogoče narediti navpično ali vodoravno (večinoma kot navpične nastavitve strani, ker je dolžina poteka več).
- Za delovanje obeh tehnik je potreben aparat za elektroforezo, vključno z rezervoarjem za gel, glavniki in napajalnikom.
- Vizualizacijo gela lahko izvedemo z obarvanjem v obeh tehnikah.
Kakšna je razlika med stranjo SDS in matično stranjo?
Diff Article Sredina pred mizo
Stran SDS proti domači strani |
|
| Stran SDS ali Stran natrijevega dodecil sulfata ločuje beljakovine glede na njihovo molekulsko maso in uporablja denaturacijski gel. | Native Page uporablja gele brez denaturiranja in ločuje beljakovine glede na njihovo velikost, naboj in obliko (3D konformacija). |
| Vrsta gela | |
| Na strani SDS je uporabljen denaturacijski gel. | Na domači strani je uporabljen gel brez denaturiranja. |
| Prisotnost SDS | |
| SDS je prisoten kot detergent, ki daje vzorcu na strani SDS negativni naboj. | SDS ni na izvorni strani. |
| Osnova za ločitev | |
| Ločevanje beljakovin je odvisno od molekulske mase beljakovin na strani SDS. | Ločevanje je odvisno od velikosti in oblike beljakovinske molekule na izvorni strani. |
| Stabilnost beljakovin | |
| Stabilnost beljakovin je na strani SDS nizka. | Stabilnost beljakovin je na domači strani visoka. |
| Obnovitev izvornih beljakovin | |
| Ni mogoče, ker je denaturiran na strani SDS. | Možno na domači strani. |
Povzetek - Stran SDS v primerjavi z domačo stranjo
SDS Page in Native Page sta dve vrsti tehnik elektroforeze v poliakrilamidnem gelu, ki se uporabljata za ločevanje beljakovin. Stran SDS se obdeluje z detergentom, imenovanim SDS. SDS daje beljakovinam splošni negativni naboj, kar nato povzroči denaturacijo beljakovin. Zato se beljakovine ločijo glede na njihovo molekulsko maso. V nasprotju s tem tehnika Native Page ne uporablja nobenega denaturacijskega sredstva. Tako se beljakovine ločijo bodisi glede na njihovo velikost ali obliko. To je razlika med stranjo SDS in domačo stranjo.
