Ključna razlika - Gel elektroforeza v primerjavi s stranjo SDS
Gelna elektroforeza je tehnika, ki ločuje makromolekule v električnem polju. V molekularni biologiji je običajna metoda ločevanja DNA, RNA in beljakovin od zmesi glede na njihove molekularne velikosti. SDS Page je vrsta gelne elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin od beljakovinske mešanice glede na njihovo velikost. Gelna elektroforeza je izraz, ki se uporablja za običajno tehniko ločevanja DNA, RNA in beljakovin, medtem ko je SDS Page ena vrsta gelske elektroforeze. To je ključna razlika med gelno elektroforezo in SDS Page.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je gelska elektroforeza
3. Kaj je SDS stran
4. Primerjava - Gel elektroforeza proti SDS Stran
5. Povzetek
Kaj je elektroforeza v gelu?
Gelna elektroforeza je pogosta tehnika, ki se uporablja v laboratorijih za ločevanje nabitih molekul, kot so DNA, RNA, beljakovine itd., Od njihovih mešanic. Gel se uporablja pri gelski elektroforezi. Deluje kot molekularno sito. Pri gelski elektroforezi se uporabljata dve vrsti gelov, in sicer agaroza in poliakrilamid. Izbira gela in pripravka gela sta pomembna dejavnika, ki ju je treba upoštevati pri gelskih elektroforezah, saj je treba za dobro ločevanje molekul z gelsko elektroforezo skrbno manipulirati z velikostjo por gela. Gel elektroforeza ima električno polje, povezano z dvema koncema gela. En konec gela kaže pozitiven naboj, drugi konec pa negativno.
DNA in RNA sta negativno nabiti molekuli. Ko se z negativnega konca gela naložijo v gel in nanesejo na električno polje, se preselijo skozi pore gela proti pozitivno napolnjenemu koncu gela. Hitrost selitve je odvisna od naboja in velikosti molekule. Manjše molekule se zlahka selijo skozi gelske pore kot večje molekule. Manjše molekule torej potujejo skozi gel na veliko razdaljo, večje pa na kratko. Za opazovanje potovanja molekul po gelu se uporabljajo posebne vrste barvil. Električno polje se uporablja za določeno časovno obdobje in ustavi, da se prepreči izguba molekul in da se molekule zadržijo na svojih prevoženih položajih. V gelu lahko opazimo različne pasove. Ti pasovi predstavljajo molekule različnih velikosti. Torej,gelna elektroforeza je koristna za razlikovanje molekul glede na njihove velikosti.
Gelna elektroforeza je vključena v različne tehnike kot pripravljalna tehnika v molekularni biologiji, kot so PCR, RFLP, kloniranje, sekvenciranje DNK, brisanje po juternu, preslikava genoma itd.
Slika 01: Elektroforeza v agaroznem gelu
Kaj je SDS Stran?
Poliakrilamidna gela elektroforeza z natrijevim dodecil sulfatom (SDS stran) je vrsta gelne elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin. Ko se za ločevanje beljakovin uporablja gelna elektroforeza, so potrebna posebna zdravljenja, saj proteini niso negativno nabiti kot DNA in RNA in ne migrirajo proti pozitivnemu ali negativnemu koncu. Zato so proteini denaturirani in prevlečeni z negativnim nabojem pred gelsko elektroforezo. Uporablja se z detergentom, imenovanim natrijev dodecil sulfat (SDS). Gel elektroforeza, ki uporablja SDS in poliakrilamidni gel za nosilni medij, je znana kot SDS Page. Ta tehnika se pogosto uporablja v biokemiji, genetiki, forenziki in molekularni biologiji.
Med SDS Page se beljakovine mešajo s SDS. SDS razširi beljakovine v linearno obliko in jih prevleče z negativnim nabojem, sorazmernim z njihovo molekulsko maso. Zaradi negativnega naboja se molekule beljakovin selijo proti koncu pozitivnega naboja gela in se ločijo glede na svoje molekulske mase. V SDS Page se poliakrilamid uporablja kot trdna podlaga za gel. Dejansko ločevanje beljakovin je odvisno predvsem od lastnosti gela. Zato je treba skrbno pripraviti poliakrilamidni gel in uporabiti pravilne koncentracije poliakrilamida. Poliakrilamidni geli imajo visoko ločljivost kot agarozni geli. Zato SDS Page velja za tehniko ločevanja beljakovin z visoko ločljivostjo.
SDS Page je vrsta denaturacijske gelne elektroforeze. Ima veliko omejitev pri analizi beljakovin. Ker SDS denaturira beljakovine pred ločevanjem, ne omogoča zaznavanja encimske aktivnosti, interakcij vezave na beljakovine, beljakovinskih kofaktorjev itd.
Slika 02: Stran SDS
Kakšna je razlika med gel elektroforezo in SDS Page?
Gel Elektroforeza vs SDS Page |
|
| Gelna elektroforeza je metoda za ločevanje makromolekul z uporabo električnega polja. | SDS Page je tehnika gelne elektroforeze z visoko ločljivostjo, ki se uporablja za ločevanje beljakovin glede na njihovo maso. |
| Gel Run | |
| Izvaja se lahko vodoravno ali navpično. | Stran SDS vedno deluje navpično. |
| Osnova za ločitev | |
| Ločevanje poteka glede na naboj in velikost. | Ločevanje beljakovin poteka glede na maso in naboj. |
| Resolucija | |
| Elektroforeza v agaroznem gelu ima nizko ločljivost, elektroforeza v poliakrilamidnem gelu pa višjo ločljivost | Stran SDS ima boljšo ločljivost. |
| Denaturacija | |
| Gel elektroforeza vključuje tehnike denaturacije in nedenaturiranja. | SDS Page denaturira beljakovine pred ločevanjem. |
Povzetek - Elektroforeza v gelu vs stran SDS
Gelna elektroforeza je pogosta tehnika, ki se uporablja za ločevanje in analizo DNA, RNA in proteinov glede na njihovo velikost in naboj. Obstajata dve glavni vrsti gelske elektroforeze, in sicer elektroforeza v agaroznem gelu in elektroforeza v poliakrilamidnem gelu. Agarozni geli se uporabljajo predvsem za ločevanje nukleinskih kislin; kadar je potrebna višja ločljivost, se uporabljajo poliakrilamidni geli. SDS Page je vrsta gelne elektroforeze, ki se običajno uporablja za ločevanje kompleksnih mešanic beljakovin. Šteje se za tehniko ločevanja beljakovin z visoko ločljivostjo. To je razlika med gelsko elektroforezo in SDS Page.
