Ključna razlika - proteomika proti transkriptomiki
Omična tehnologija je trenutni trend, kjer na različne biomolekule organizma gledamo kot na celotno zbirko glede na njegove lastnosti in funkcije. Tehnologija omic ima široko paleto aplikacij. Različne omike biološkega vzorca vključujejo genomiko, proteomiko, transkriptomiko in metabolomiko. Proteomika vključuje popolno preučevanje vseh beljakovin v živem organizmu. Opredeljen je kot skupek vseh izraženih beljakovin v organizmu, njegovih strukturnih in funkcionalnih lastnosti. Komplet beljakovin torej tvori proteom. Transkriptomika je popolna študija vseh molekul prenosne RNA (mRNA), ki so prisotne v živem organizmu. Tako se transkriptomika ukvarja z geni, ki se aktivno izražajo v živem organizmu. Celotni sklop mRNA v živem organizmu se imenuje transkriptom. Ključna razlika med proteomiko in transkriptomiko temelji na vrsti biomolekule. V proteomiki preučujemo celoten sklop izraženih beljakovin v živem organizmu, medtem ko v transkriptomiki preučujemo celotno mRNA živega organizma.
VSEBINA
1. Pregled in ključna razlika
2. Kaj je proteomika
3. Kaj je transkriptomatika
4. Podobnosti med proteomiko in transkriptomiko
5. Vzporedna primerjava - Proteomika v primerjavi s transkriptomiko v tabelarni obliki
6. Povzetek
Kaj je proteomika?
Izraz proteomika je bil uveden leta 1995 in je bil sprva opredeljen kot skupni beljakovinski komplement v celici, tkivu ali organizmu. Z napredovanjem v proteomskih študijah je bil nato spremenjen, da bi ga obravnavali kot krovni izraz, v katerega so bila vključena številna študijska področja. Trenutno v okviru teme proteomika preučujemo strukturo, usmerjenost, funkcije, interakcije, modifikacije, uporabo in pomen beljakovin. Zato se trenutno izvaja veliko raziskav na področju proteomike.
Prve proteomske študije so bile narejene za ugotavljanje vsebnosti beljakovin v Escherichia coli. Kartiranje celotne vsebnosti beljakovin je bilo narejeno z uporabo dvodimenzionalnih (2D) gelov. Po uspehu tega so znanstveniki prešli na karakterizacijo celotne vsebnosti beljakovin v živalih, kot so morski prašički in miši. Trenutno se preslikava človeških beljakovin izvaja z 2D gelsko elektroforezo.
Uporaba proteomike
Prednosti preučevanja proteomike so številne, saj so beljakovine zaradi katalizatorske lastnosti proteinov vodilne molekule večine aktivnosti. Tako lahko študija celih beljakovin zagotovi informacije o zdravstvenem stanju organizma. Nekatere aplikacije so;
- Opomba genoma: S preučevanjem vsebnosti beljakovin v organizmu lahko določimo natančne genome, odgovorne za aktivno beljakovinsko spojino. V tem scenariju so pomembni rezultati vseh genomik, transkriptomika in proteomika.
- Identifikacija bolezni / diagnostika: Proteomics se uporablja za identifikacijo stanja bolezni s primerjavo zdravih in obolelih
- Za izvajanje ekspresije beljakovin, preučevane med eksperimentiranjem.
- Spremembe beljakovin in študije medsebojnega delovanja: za uporabo beljakovin in vitro ali in vivo, za določitev pogojev skladiščenja teh ekstrahiranih beljakovin in za preučevanje vedenja beljakovin in vitro, in vivo in in silico.
Slika 01: Proteomika
V proteomiki sodelujejo različne tehnike
- Ekstrakcija celotnih beljakovin in ločevanje beljakovin z 2D gelsko elektroforezo. Beljakovine lahko ločimo tudi z visoko zmogljivo tekočinsko kromatografijo (HPLC).
- Zaporedje ekstrahiranih proteinov z uporabo metod, kot sta Edmundova metoda zaporedja ali masna spektrometrija.
- Ko so zaporedja prepoznana, se z uporabo računalniške programske opreme in orodij za bioinformatiko analizirajo strukturne in funkcionalne lastnosti vsebnosti beljakovin.
Kaj je Transcriptomics?
Izraz transkriptoma je skovan nedavno. Transcriptomics je preučevanje celotne vsebnosti mRNA v organizmu. Celotna mRNA je izražena DNA v živem organizmu ali celici. Popolna zbirka mRNA se imenuje transkriptom.
Koraki k analizi prepisa vključujejo,
- Ekstrakcija RNA, ločevanje mRNA z uporabo kolonske gelne kromatografije s poli DT kroglicami.
- Zaporedje mRNA je narejeno.
Tehnologija mikromrež je eden najpogostejših načinov prepoznavanja prepisov organizma. Tehnika mikromreže vključuje sondno ploščo z komplementarnimi verigami transkriptoma. Po hibridizaciji lahko označimo mRNA v organizmu ali celicah.
Slika 02: Transkriptomske tehnike
Transkriptomika se zdaj pogosto uporablja na medicinskem področju. Diagnostika bolezni in profiliranje bolezni sta glavna področja, na katerih se uporablja Transcriptomics. Z analizo prepisa organizma je mogoče prepoznati tujo mRNA in če obstaja kakšna okužba, jo je mogoče prepoznati. Nekodirajočo RNA je mogoče ločiti s pomočjo transkriptomskih tehnologij. In tudi izražanje genov pod različnimi okoljskimi obremenitvami je mogoče spremljati.
Kakšne so podobnosti med proteomiko in transkriptomiko?
- Oboje je del koncepta omične tehnologije.
- Obe se uporabljata pri diagnostiki bolezni in karakterizaciji bolezni organizma.
- Obe študijski področji sta vključevali ekstrakcijo biomolekule, ločevanje biomolekule in korake zaporedja.
Kakšna je razlika med proteomiko in transkriptomiko?
Diff Article Sredina pred mizo
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomika vključuje popolno preučevanje vseh beljakovin v živem organizmu. | Transkriptomika je popolna študija vseh molekul prenosne RNA (mRNA), ki so prisotne v živem organizmu. |
| Študiral je vrsto bio molekule | |
| Beljakovine preučujemo v proteomiki. | mRNA preučujejo v transkriptomiki. |
| Preučeni dejavniki | |
| Strukturo, delovanje, interakcije, modifikacije in uporabo proteinov preučujejo v proteomiki. | Struktura zaporedja, interakcije z okoljem in aplikacije mRNA preučujejo v transkriptomiki. |
Povzetek - Proteomika vs transkriptomika
Omics igra pomembno vlogo na področju znanosti o življenju. Proteomika se nanaša na študijo proteoma, ki tvori celotne zbirke beljakovin v celici ali organizmu. Transcriptomics se nanaša na preučevanje transcriptoma, ki je celoten nabor izražene DNA, ki je v obliki mRNA. Dve študijski področji, proteomika in transkriptomika, sta bili pridobljeni po uvedbi genomike in se trenutno pogosto uporabljata v medicinski diagnostiki ter pri karakterizaciji in presejanju organizmov. To je razlika med proteomiko in transkriptomiko.
Prenesite PDF Proteomics vs Transcriptomics
Lahko prenesete različico tega članka v PDF obliki in jo uporabite za namene brez povezave, kot je navedeno v opombi o navedbi. Prosimo, prenesite PDF različico tukaj: Razlika med proteomiko in transkriptomiko
