Ključna razlika med fluksionalnostjo in tavtomerijo je, da se fluxionalnost nanaša na izmenjavo nekaterih ali vseh atomov v molekuli, medtem ko se tavtomerija nanaša na izmenjavo protonov med molekulami.
Oba izraza fluksionalnost in tavtomerija se nanašata na izmenjavo atomov med različnimi položaji, kot sta osni in ekvatorialni položaj. Če ti različni položaji ležijo na isti molekuli, potem gre za fluksnost. Če pa je atom, ki ga zamenjamo, atom vodika (protona) in je položaj v dveh različnih molekulah, potem se to imenuje tavtomerija.
