Ključna razlika med prototropijo in tavtomerijo je v tem, da prototropija obravnava dve obliki molekule, ki se med seboj razlikujeta le v položaju določenega protona, medtem ko tavtomerija obravnava medsebojno pretvorbo dveh strukturnih izomerov s premestitvijo atomov ali vezi.
Prototropija je oblika tavtomerije; je najpogostejša oblika tavtomerije. Tavtomerija je koncept v organski kemiji, ki opisuje pretvorbo enega strukturnega izomera v drugega izomera s premestitvijo atomov ali vezi. Če se preselitev zgodi v protonu v molekuli, potem to imenujemo prototropija. Zato je ta vrsta tavtomerije znana kot prototropna-tavtomerija.
