Ključna razlika med bakterioklorofilom in klorofilom je, da imajo anoksigeni fototrofi, kot so vijolične bakterije, heliobakterije in zelene žveplove bakterije itd., Bakterioklorofile, kisikovi fototrofi, kot so zelene rastline, alge in cianobakterije, pa klorofile.
Obstajata dve vrsti fotosinteze; kisikova fotosinteza in anoksigena fotosinteza. Obstajata tudi dve vrsti fotosintetskih pigmentov, kot sta klorofil in bakterioklorofil. Kisikovi fototrofi imajo klorofil, anoksigeni fototrofi pa imajo bakterioklorofil. Bakterioklorofil in klorofil sta si podobna v celotni strukturi. Razlikujejo pa se po zamenjavah okoli obroča ter po dolžini in zamenjavah na fitolskem repu. Obstajajo štiri vrste klorofilov, medtem ko obstaja sedem vrst bakterioklorofilov.
