Ključna razlika med 1D in 2D gelsko elektroforezo so lastnosti, ki se uporabljajo za ločevanje beljakovin na gelski elektroforezi. 1D gel elektroforeza ločuje samo beljakovine glede na molekulsko maso, medtem ko 2D gel elektroforeza ločuje beljakovine glede na njihovo izoelektrično točko in molekulsko maso.
Ločevanje beljakovin z gelsko elektroforezo je pomembna tehnika za označevanje beljakovin. Beljakovine imajo različne lastnosti; zato je ločevanje bolj zapleteno v primerjavi z ločevanjem DNA z elektroforezo v agaroznem gelu.
