Ključna razlika med fermentacijo v trdnem stanju in potopljeno fermentacijo je, da fermentacija v trdnem stanju vključuje gojenje mikroorganizmov na trdnem substratu z nizko vsebnostjo vlage, medtem ko potopljena fermentacija vključuje gojenje mikroorganizmov v tekočem mediju, ki ima več kot 95% vode.
Mikroorganizmi so koristni v različnih vrstah industrij. Bakterije in glive imajo posebno široko uporabo v industriji. Med industrijskim fermentacijskim postopkom je treba v velikem obsegu gojiti mikroorganizme, da se pridobijo potrebni proizvodi, ki izhajajo iz mikrobne presnove. Trdna fermentacija in potopljena fermentacija sta dve glavni vrsti fermentacije, ki pomagata pri industrijski proizvodnji encimov. Pri fermentaciji v trdnem stanju fermentacijo opravijo mikroorganizmi, gojeni na trdnem substratu, pri potopljeni fermentaciji pa fermentacijo mikroorganizmi, gojeni v tekočem mediju. Vsaka metoda ima tako prednosti kot tudi slabosti.
