Ključna razlika med genetskim zemljevidom in zemljevidom povezav je vrsta genov, ki se uporabljajo za postopek kartiranja. Genetska karta je sestavljena iz vseh genov, ki so prisotni v določenem kromosomu, medtem ko je povezavna karta sestavljena iz povezanih genov, prisotnih v določenem kromosomu.
Genetska karta in karta povezav sta dve vrsti kromosomskih zemljevidov, ki ponazarjata gene, ki jih najdemo na kromosomih. Genetski zemljevid prikazuje vse gene, medtem ko povezovalni zemljevid prikazuje samo povezane gene. Oboje je zelo koristno pri diagnosticiranju genskih bolezni in motenj. Poleg tega lahko kromosomske aberacije zaznamo tudi z genetskimi kartami in kartami povezav. Zemljevidi povezav nadalje ponujajo idejo o razvoju določenih genov.