Ključna razlika med fagolizomom in fagosomom je v tem, da je fagolizosom citoplazmatsko telo, ki nastane z zlitjem fagosoma z lizosomom. Medtem je fagosom mehurček, ki nastane okoli delcev, ki jih med fagocitozo zajema fagocitna celica.
Fagocitoza je obrambni mehanizem, ki se v nekaterih celicah ali organizmih uporablja za odstranjevanje tujkov iz telesa. Fagociti so celice, ki izvajajo fagocitozo. Fagociti so vrste belih krvnih celic, zlasti nevtrofilci, monociti in makrofagi, prisotni v krvi. Te celice ščitijo telo z odkrivanjem tujih delcev, kot so bakterije, toksini, odmrle in odmirajoče somatske celice itd. Fagociti jih nato zajemajo in uničujejo. Fagocitoza je neke vrste endocitoza. S fagocitozo se trdni delci ponotranjijo v strukturo, imenovano fagosom. Ko se ujamejo znotraj fagosoma, se zlijejo z lizosomi in tvorijo fagolizome. Nato se delci znotraj fagosoma z uporabo encimov lizosom hidrolaze razgradijo in uničijo.
