Ključna razlika med eksencefalijo in anencefalijo je, da je eksencefalija cefalična motnja, pri kateri se možganska tkiva nahajajo zunaj lobanje zaradi odsotnosti lobanjske votline in lasišča. Medtem je anencefalija cefalična motnja, za katero je značilno odsotnost večjega dela možganov, lobanje in lasišča zaradi neuspešnega zapiranja rostralne nevropore.
Prirojene motnje nastanejo zaradi živčnih napak, ki se pojavijo med nosečnostjo. Povzročijo visoko stopnjo smrtnosti, zaradi česar je stanje usodno. Eksencefalija in anencefalija sta dve takšni prirojeni motnji, pa tudi cefalične motnje pri dojenčkih. V eksencefaliji se možgani nahajajo zunaj lobanje. V anencefaliji ni večine možganov, lobanje in lasišča. Ekcencefalija velja za embriološkega predhodnika anencefalije. Vendar pa je eksencefalija v primerjavi z anencefalijo izjemno redko stanje.
