Ključna razlika med citokromom in fitokromom je v tem, da je citokrom hem protein, ki prenaša elektrone in je vključen v aerobno dihanje. Medtem je fitokrom fotoreceptorski protein, ki je občutljiv na rdečo in daleč rdečo svetlobo vidnega spektra.
Živi organizmi imajo različne vrste pigmentov. Nekateri so pigmenti, ki absorbirajo svetlobo, drugi pa pigmente za dihanje. Citohrom je metaloprotein, ki deluje kot nosilec elektrona pri aerobnem dihanju. Medtem je fitokrom fotoreceptor, ki absorbira rdečo in daleč rdečo svetlobo iz vidnega spektra. V primerjavi s citokromom so fitokromi pomembni v mnogih vidikih razvoja rastlin.
