Ključna razlika med diferenciacijo in morfogenezo je v tem, da diferenciacija opisuje, kako se celice specializirajo za izvajanje edinstvenih funkcij, medtem ko morfogeneza opisuje razvoj oblik živih organizmov.
Večcelični organizmi začnejo svoje življenje iz ene celice, bodisi tvorijo spore ali zigoto. Zato sta diferenciacija celic in morfogeneza dva različna in glavna procesa, ki se pojavita med razvojem večceličnega organizma. Diferenciacija je postopek oblikovanja različnih specializiranih tipov celic. Vodi do zorenja celic in tkiv, ki opravljajo posebne funkcije za organizem. Po drugi strani pa je morfogeneza proces razvoja različnih oblik živih organizmov. Določa obliko celic, tkiv, organov ali organizmov.
