Ključna razlika med ciklom jajčnikov in menstrualnim ciklusom je, da je ciklus jajčnikov cikel, ki se zgodi v jajčnikih, medtem ko je menstrualni ciklus cikel, ki se zgodi v maternici, povezan z maternično steno.
Jajčni cikel in menstrualni ciklus sta dva cikla, ki se pojavita pri ženskah. Ta dva cikla pripravita žensko, da zanosi in rodi potomstvo ter postane mati. Oba cikla se pojavita v ženskem reproduktivnem sistemu. Tako so hormonsko odzivni cikli. Samice preživijo ta dva cikla od pubertete do menopavze. V teh dveh ciklih se vrstijo dogodki, ki jih v glavnem poganjajo hormoni. Ko pride do nosečnosti, se oba cikla ustavita, to pa počne hormon, imenovan človeški horionski gonadotropin (hCG).
