Ključna razlika med anatomskim in fiziološkim mrtvim prostorom je, da se anatomski mrtvi prostor nanaša na prostornino zraka, ki zapolni prevodno območje dihanja, ki ga sestavljajo nos, sapnik in bronhi, ne da bi prodrli v pljučna območja izmenjave plina. Medtem se fiziološki mrtvi prostor nanaša na anatomski mrtvi prostor skupaj z delom zraka, ki doseže pljučna območja za izmenjavo plinov, vendar ne sodeluje pri izmenjavi plinov (alveolarni mrtvi prostor).
Mrtvi prostor v pljučih je prostornina prezračenega zraka, ki ni podvržena izmenjavi plina. Tako je mrtvi prostor del vsake plimovalne prostornine, ki ne sodeluje pri izmenjavi plina. Obstajata dva načina za opis pljučnega mrtvega prostora. So anatomski mrtvi prostor in fiziološki mrtvi prostor. Anatomski mrtvi prostor opisuje prostornino zraka, ki ne prodre v pljučna območja pljuč, medtem ko fiziološki mrtvi prostor opisuje anatomski mrtvi prostor plus prostornino zraka, ki prodre v območja izmenjave plinov, vendar ni podvržen izmenjavi plina.
Pri zdravem posamezniku sta obe vrednosti približno enaki. Toda v bolezni je lahko fiziološki mrtvi prostor precej večji od anatomskega mrtvega prostora. Zato je fiziološki mrtvi prostor v primerjavi z anatomskim mrtvim prostorom klinično pomemben.
