Ključna razlika med endosimbiozo in simbiozo je v tem, da je endosimbioza teorija, ki opisuje, kako so mitohondriji in kloroplasti vstopili v evkariontske celice, simbioza pa je dolgotrajna interakcija med dvema živima vrstama.
Organizmi v ekosistemu med seboj sodelujejo na različne načine. Simbioza je interakcija med dvema različnima vrstama, ki živita skupaj. Nekatere interakcije koristijo obema stranema, druge pa ostanejo nevtralne. Nekatere druge interakcije pa so škodljive za eno stran, zlasti za gostiteljski organizem, medtem ko druga stranka prejema ugodnosti na račun gostitelja. Vse te vrste interakcij lahko vidimo v ekosistemu. Vendar so tovrstne interakcije ključnega pomena za stabilnost ekosistema. Endosimbioza pa je teorija, ki pojasnjuje izvor evkariontske celice iz prokariontske celice.
