Ključna razlika med endosimbiozo in invaginacijo je v tem, da je endosimbioza teorija, ki pojasnjuje izvor mitohondrijev in kloroplastov znotraj evkariontske celice, medtem ko je invaginacija proces, ki pojasnjuje izvor jedra in drugih celičnih organelov s tvorbo invaginacije iz plazme. membrano v notranjost celice.
Znanstveniki verjamejo, da so se evkariontske celice razvile iz prokariontskih celic. Razvili so številne teorije, da bi razložili, kako se je ta evolucija zgodila. Endosimbioza je ena takih teorij, ki pojasnjuje izvor mitohondrijev in kloroplasta znotraj evkariontskih celic iz prokariontskih bakterij. Invaginacija je postopek, ki pojasnjuje izvor jedra in drugih z membrano vezanih organelov znotraj evkariontske celice.
