Ključna razlika med teorijo molekularne orbite in teorijo hibridizacije je v tem, da teorija molekularne orbite opisuje nastanek veznih in antiveznih orbital, medtem ko teorija hibridizacije opisuje nastanek hibridnih orbital.
Za določanje elektronske in orbitalne strukture molekul so razvite različne teorije. Teorija VSEPR, Lewisova teorija, teorija valentnih vezi, teorija hibridizacije in teorija molekularnih orbital so tako pomembne. Najbolj sprejemljiva teorija med njimi je molekularna orbitalna teorija.