Ključna razlika med helikazo in topoizomerazo je v tem, da je helikaza encim, ki ločuje dve komplementarni verigi DNA z razbijanjem vodikovih vezi med bazama dveh verig, medtem ko je topoizomeraza encim, ki z rezanjem odstranjuje pozitivne in negativne superkule, ki nastanejo med postopkom odmotavanja DNK. in ponovno zatesnitev ene ali obeh verig dupleksa DNA.
DNA je dvojna vijačnica. Obstaja v dveh komplementarnih verigah, povezanih skupaj z vodikovimi vezmi. Za replikacijo DNA, transkripcijo in popravilo DNA je treba ločiti dve verigi, da bi ustvarili nove kopije, naredili mRNA in dodali nukleotide za popravilo. V tem trenutku prideta v poštev dva encima helikaza in topoizomeraza. Zato sta pri odvijanju DNK nujni tako helikaza kot topoizomeraze. Helicase loči dvoverižno DNA v enojne verige tako, da prekine vodikove vezi med nukleotidnimi osnovnimi pari v dvoverižni DNA. V nasprotju s tem topoizomeraza razkrije zasuk DNA in razbremeni naravo DNA super tuljave z rezanjem hrbtenice DNA fosfata v enem ali obeh pramenih.
