Ključna razlika med prokariontsko in evkariontsko topoizomerazo je celični izvor topoizomeraze. Prokariontske topoizomeraze so prisotne v celicah prokariontskega celičnega izvora, evkariontske topoizomeraze pa med organizmi z evkariontskim celičnim poreklom. Poleg tega se razlikujejo tudi v porazdelitvi. Prokariontske topoizomeraze so prisotne v citoplazmi celice, evkariontske topoizomeraze pa so razporejene v jedru.
Izomeraza je skupina encimov, ki katalizirajo strukturno prerazporeditev molekul. Topoizomeraza je ena vrsta izomeraz. Topologijo molekule DNA spreminja z regulacijo super navitja DNA. Prereže in ponovno zatesni eno ali obe verigi dupleksa DNA. Zato je DNK sposobna replikacije, transkripcije, popravila in kromosomske segregacije. Obstajata dve vrsti topoizomeraz, in sicer topoizomeraza I in II.
