Ključna razlika med genetsko razdaljo in fizično razdaljo je vrsta zaporedja, ki se uporablja pri analizi razdalje med dvema populacijama iste vrste. Genetska razdalja meri genetsko razhajanje med vrstami ali med populacijami znotraj vrste, fizična razdalja pa meri število nukleotidov med obema markerjema.
Genetska razdalja in fizična razdalja omogočata vpogled v evolucijska razmerja med dvema populacijama vrste. Zemljevidi razdalj zato omogočajo povezovanje populacij na podlagi genetskih podatkov. Zaporedje genoma in analiza bioinformatike igrata pomembno vlogo pri določanju tako genetske kot fizične razdalje.
