Ključna razlika med formalno in neformalno organizacijo je v tem, da se formalne organizacije oblikujejo za dosego skupnega cilja z uradnimi odnosi med člani, neformalne organizacije pa znotraj formalnih organizacij, ki temeljijo na medosebnih odnosih med člani organizacije.
Tako formalni kot neformalni koncepti organizacije so med seboj povezani. To je zato, ker v formalnih organizacijah obstaja veliko neformalnih organizacij. Poleg tega je formalna organizacija, ki podpira številne neformalne organizacije, učinkovita in zadovoljiva organizacija.