Ključna razlika med mezodermom in mezenhimom je v tem, da je mezoderm ena od treh zarodnih plasti dvostransko simetričnih živali, medtem ko je mezenhim nediferencirano tkivo, ki ga najdemo v resnični zarodni mezodermi.
Pri diploblastičnih živalih je načrt telesa razmeroma preprost z dvema plastema celic. Dve plasti sta zunanji ektoderm in notranji endoderm. Ektodermne celice so obrnjene proti okolju, endodermne celice pa proti enteronu, ki je votlina z eno samo odprtino navzven. Odprtina so usta. Poleg tega je stanje triploblastike stanje, v katerem se v zarodku razvije tretja plast, znana kot mezoderm. Mesoderm leži med ektodermom in endodermom in ločuje dve plasti celic. Tretja plast je pomembna za telo. Pri nekaterih živalih velik del mezoderme ostane nediferenciran in tvori pakirno tkivo, znano kot mezenhim, ki podpira in ščiti telesne organe.
