Ključna razlika med fukoidanom in fukoksantinom je, da je fukoidan sulfatiran polisaharid, ki vsebuje fukozo in je prisoten v različnih vrstah rjavih alg in rjavih alg, medtem ko je fukoksantin ksantofil, prisoten kot dodatni pigment v kloroplastih rjavih alg in drugih heterokontov.
Morski ekosistemi sestavljajo floro in favno. Imajo veliko raznolikost vrst. Poleg tega te vrste vsebujejo različne spojine, ki so koristne za človeka. Biomolekule, pridobljene iz teh vrst v morskih ekosistemih, vsebujejo različne terapevtske potenciale. Fukoidan in fukoksantin sta dve takšni spojini, prisotni v morskih ekosistemih, predvsem v rjavih algah. Čeprav se kemično razlikujeta, se obe spojini trenutno uporabljata za različne raziskovalne namene, da bi ugotovili svoj potencial kot terapevtika.