Ključna razlika med alelom in genotipom je, da je alel ena od variantnih oblik gena, ki se nahaja na istem genetskem lokusu kromosoma, medtem ko je genotip genska konstitucija določene lastnosti.
Genetika je preučevanje genov in dednih vzorcev v organizmih. Kromosomi so strukture, ki vsebujejo genetske informacije o organizmu. Zato je pri evkariontih v genomu določeno število kromosomov. Vsak kromosom ima na tisoče genov, ki so posebna področja kromosomov. V bistvu so geni strukturne enote v genetiki, ki hranijo genetske informacije za proizvodnjo beljakovin. Vsak gen ima dve kopiji, ki izhajata od vsakega starša.
Podobno je alel različica gena ali oblika gena. Poleg tega ima vsak gen dve obliki alelov, ki določata značilnost, ki jo kodira gen. Zato je genotip genska sestava organizma, ki jo določa porazdelitev alelov v različnih genih.
