Ključna razlika med alogeno in avtologno presaditvijo je odvisna od vira matičnih celic za presaditev. Alogenska presaditev uporablja nove izvorne celice drugega darovalca, avtologna presaditev pa pacientove matične celice.
Matične celice so nediferencirane celice, ki se lahko delijo in diferencirajo v različne druge vrste celic. Posledično se te celice lahko samoobnavljajo. Zato so osnova za naše organe in tkiva. Poleg tega delujejo kot sistem za popravilo našega telesa. Ker so izvorne celice sposobne proizvesti več hčerinskih celic iste vrste ali se diferencirati v določene tipe celic, se z njimi uporabljajo pri terapijah z matičnimi celicami, da nadomestijo okvarjena ali obolela tkiva z zdravimi tkivi. Terapija z matičnimi celicami je lahko alogenska ali avtologna. Odvisno od novih izvornih celic, ki se uporabljajo za nadomestitev tkiva pri presaditvi. Če je pri matičnih celicah bolnikova matična celica lastna, je znana kot avtologna presaditev. Če pa gre za drugega darovalca, se temu reče alogena presaditev.
