Ključna razlika med gelsko filtracijo in gelsko permeacijsko kromatografijo je v tem, da je mobilna faza gel filtracijske kromatografije vodna raztopina, medtem ko je mobilna faza gelsko permeacijske kromatografije organsko topilo.
Tako gelna filtracija kot gelna permeacijska kromatografija spadata v kategorijo izključevalne kromatografije, pri kateri lahko molekule ločimo v raztopini, odvisno od njihove velikosti. To pomeni, da lahko včasih molekule ločimo glede na njihovo molekulsko maso. Te tehnike običajno uporabljamo za ločevanje kompleksnih molekul, kot so beljakovine, in v industrijskem obsegu za ločevanje polimernih materialov. Glavna razlika med gelsko filtracijo in gelsko permeacijsko kromatografijo je v mobilni fazi, ki jo uporabljamo v vsaki tehniki.
