Ključna razlika med filtracijo in čiščenjem je, da je filtracija tehnika, ki ločuje trdne snovi od tekočin s filtriranjem tekočine skozi pregrado, medtem ko je čiščenje postopek ločevanja neželenih komponent iz tekočine z različnimi tehnikami, kot sta filtracija in dezinfekcija.
Filtracija je tehnika čiščenja, pri kateri uporabljamo pregrado, skozi katero se tekočina lahko odfiltrira. S tem se odstranijo trdne komponente v tekočini. Čiščenje je zelo širok izraz, v katerem lahko razpravljamo o različnih metodah, razen o filtriranju, ki je koristno pri čiščenju vzorca.