Ključna razlika med substratom in aktivnim mestom je, da je substrat kemična spojina, ki lahko kemično reagira, medtem ko je aktivno mesto specifična regija na encimu.
Encimi so biološki katalizatorji. To so beljakovine, ki lahko zmanjšajo energijo aktivacije kemične reakcije, da bi zmanjšale energijsko pregrado te reakcije. Tako lahko poveča hitrost reakcije. Reaktant reakcije, v kateri sodelujejo encimi, je "substrat". Ta substrat se veže na aktivno mesto encima. Tam potekajo reakcije. Sčasoma sprosti produkte reakcije.
