Ključna razlika med prokariontsko in evkariontsko DNA je v tem, da prokariontska DNA prosto plava v citoplazmi, medtem ko evkariontska DNA stoji znotraj jedra.
Obstajata dve glavni kategoriji živih organizmov, kot so prokarionti in evkarionti. Med seboj se razlikujejo po celični organizaciji. Skladno s tem imajo prokarionti preprosto celično organizacijo. Manjkajo jim jedro in z membrano vezani organeli. Po drugi strani pa imajo evkarionti zapleteno celično organizacijo. Imajo pravo jedro, ki vsebuje DNA in tudi membransko vezane celične organele. Vsi prokarionti so enocelični, evkarionti pa so lahko enocelični ali večcelični organizmi. Prokarionti in evkarionti v glavnem vsebujejo genom DNA. Njihova DNA je pakirana v kromosome. Ker prokarionti nimajo jedra, njihova DNA prosto plava v citoplazmi. Vendar pa se pri evkariontih kromosomi nahajajo znotraj jedra. Zato jedrska membrana zapre vso evkariontsko DNA.
